Index A | C | D | E | F | G | H | L | M | P | R | S | T | U | W A add_interest_region_to_ply() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) add_labels_to_ply() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) add_prediction_to_ply() (in module utils.datasets.general) align_traj_to_pocket() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) apo_data_preparation_recipe() (in module utils.datasets.general) C calculate_center() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) calculate_zscore() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser method) check_standard_names() (in module utils.datasets.traj_handler) checking_workflow() (in module utils.datasets.general) combine_pocket_frags() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) convert_numpy_types() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor) convert_to_standard_names() (in module utils.datasets.traj_handler) D descriptors_df (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser attribute) E extract_fragment_based_pocket() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) extract_holospace_frag_volume() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser method) extract_pocket() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) F files (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser attribute) frag_info_path (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser attribute) G generate_pse() (in module utils.pymol_scripts.vis_pdb_ply) get_class_vertices() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) get_complex() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) get_frame() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) get_ligand() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) get_ligand_around_resids() (in module utils.datasets.traj_handler) get_pocket_center() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) get_pocket_frag_volumes() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space.HoloSpace method) get_pocket_frags() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) get_pocket_residues() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) get_pocket_volume() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space.HoloSpace method) get_protein() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) get_residues_at_pocket() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) get_residues_at_pocket_by_center() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) get_resname_with_resid() (in module utils.datasets.traj_handler) H holo_data_preparation_recipe() (in module utils.datasets.general) HoloDescriptor (class in utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor) HoloDescriptorAnalyser (class in utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor) HoloSpace (class in utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) holospace_frag_score() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser method) holospace_frag_volumes (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser attribute) L list_files() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser method) load_frag_info() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser method) M merge_pse() (in module utils.pymol_scripts.vis_pdb_ply) mesh (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space.HoloSpace attribute) module utils.datasets.general utils.datasets.traj_handler utils.parallel.framework utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space utils.pymol_scripts.vis_pdb_ply P pairwise_intersection_volume() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) Parallelization (class in utils.parallel.framework) pocket (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space.HoloSpace attribute) pocket_frag_volume() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) pocket_frags (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space.HoloSpace attribute) prepare() (utils.parallel.framework.TrajHandlerPrediction method) (utils.parallel.framework.TrajHandlerPreprocess method) (utils.parallel.framework.TrajHandlerVisualization method) preprocess_workflow() (in module utils.datasets.general) (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) R radius_thres_from_distrib() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) read() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser method) read_descriptors() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor) read_fragment_aux_file() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) read_model() (in module utils.datasets.general) read_pocket_aux_file() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) read_pocket_from_string() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) results (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptor attribute) run() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptor method) run_prediction() (in module utils.datasets.general) S save() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptor method) save_descriptors() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor) save_pocket() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space.HoloSpace method) set_config() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) set_rank() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser method) source_path (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser attribute) T top_k_average() (in module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space) top_n() (utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor.HoloDescriptorAnalyser method) TrajectoryHandler (class in utils.datasets.traj_handler) TrajHandlerPrediction (class in utils.parallel.framework) TrajHandlerPreprocess (class in utils.parallel.framework) TrajHandlerVisualization (class in utils.parallel.framework) U utils.datasets.general module utils.datasets.traj_handler module utils.parallel.framework module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_descriptor module utils.ppseg.holo_descriptor.holo_space module utils.pymol_scripts.vis_pdb_ply module W write_features_to_ply() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) write_pocket_aux_file() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) write_structure() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) write_trajectory() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method) write_voxelised_data_to_h5() (utils.datasets.traj_handler.TrajectoryHandler method)